La jaula debe ser lo bastante grande como para permitir la presencia de una zona para las deyecciones y otra para la comida, además de espacio para estirarse. En el suelo se puede poner cualquier sustrato no agresivo para las patas de la cobaya: papel de periódico, virutas de madera, paja, heno, cilindros de serrín prensado... es mejor evitar los sustratos pulverulentos (como el serrín o la arena de gato). La jaula debe estar en un sitio fresco, protegida de corrientes de aire y altas temperaturas. Esto no quiere decir que no puedan tomar el sol: La luz solar directa es importante para la correcta calcificación de los huesos, pero es conveniente evitar las horas de más calor y proporcionar siempre una sombra donde se puedan resguardar si sube mucho la temperatura. Hay que controlar el bebedero, ya que tienden a obstruir con comida los tubos. Es importante que hagan ejercicio fuera de la jaula, con la mayor asiduidad posible. Para estimularlos se les puede montar un “circuito” con premios comestibles. Conviene aportarles juguetes para roer; en las tiendas de animales existen productos específicos, y además podemos ofrecerles trozos de madera no tratada, troncos y ramas limpios y sin pesticidas, pinzas de la ropa de madera, cartones y papel de periódico.

No existe ninguna vacuna comercializada para cobayas. Las cobayas pueden tener parásitos externos (pulgas, garrapatas, ácaros y, sobre todo, piojos) y parásitos internos (coccidios, criptosporidios), pero generalmente no se realizan tratamientos preventivos, sino que se tratan cuando se diagnostican. Se recomienda realizar una revisión anual en el veterinario.